La pregunta tiene trampa. Muchos libros "autopublicados" salen con sello de una editorial, pero que no es editorial tradicional, sino "bajo demanda".
Mi experiencia me dice que la mayoría de lectores no tiene ni idea de esas cosas. No sabe la diferencia entre "editorial tradicional" y "editorial bajo demanda". Para ellos un libro es un libro, y punto.
Entre los que sí conocen la diferencia, sí creo que existen prejuicios. Pagar por publicar está algo desprestigiado, pues se supone que la novela en cuestión no alcanza estándares dignos para ser publicada sin que el autor abra su cartera, por lo tanto es una novela menor.
Es solo mi opinión. Cuidado que con este tema te lanzan piedras. No me voy a meter en lo que pienso de la autopublicación o de la edición tradicional... es una conversación que me aburre y en la que sobra teoría y a los "opinadores profesionales" les falta mucha práctica.
Si te sirve de algo, yo llevo unas 16 novelas publicadas. La mitad "autopublicadas" y la otra mitad "edición tradicional" en editoriales pequeñas, eso sí... y te digo que ventajas e inconvenientes hay en ambas. Hombre, si te fichan los de Planeta ya es otra cosa... o no, pero ya volvemos a la teoría.